Fukuda bertanding untuk Dewan Perwakilan pada 1990 dan menang. Pada 1997 terpilih menjadi timbalan pengarah Parti Liberal Demokrat dan menjadi Ketua Setiausaha Kabinet kepada Yoshiro Mori pada Oktober 2000. Tetapi meletak jawatan itu pada 7 Mei 2004 kerana dikaitkan dengan skandal sistem pencen.

Fukuda menjadi calon untuk kepimpinan LDP pada 2006 tetapi 21 Julai dia menarik diri. Dengan itu Shinzo Abe menggantikan Junichiro Koizumi sebagai presiden LDP dan Perdana Menteri Jepun.

Satu daripada prasyarat untuk menjadi perdana menteri ialah mestilah melawat Kuil Yasukuni. Pada Jun 2006, Fukuda menyertai 134 pembuat undang-undang untuk mengenepikan syarat tersebut. Selepas Shinzo Abe bersara pada September 2007, Fukura diwar-warkan sebagai presiden LDP. Ini kerana LDP merupakan parti majoriti dalam Dewan Perwakilan dan secara automatik , calon LDP menjadi perdana menteri. Fukuda menerima sokongan kuat dari pelbagai pihak terutama dari paksi Menteri Luar, Nobutaka Machimura di mana Fukuda menjadi ahlinya. Menteri Kewangan, Fukushiro Nukaga‎ turut berada di belakangnya. Tarō Asō merupakan pesaing bagi Fukuda.

Fukuda mempunyai peluang cerah memang dalam pemilihan presiden pada 23 September 2007. Tetapi Taro Aso juga ada lebih peluang. Pada 23 September 2007, Fukuda menewaskan Taro Aso dengan 330 undi berbanding 197 undi. Fukuda akan dilantik secara rasmi sebagai perdana menteri Jepun pada 25 September 2007.